Программа кинофестиваля и на этот раз была разбита на ряд тематических программ: «Кино о войне», «Кино на защите прав беженцев», «Кино о женщинах», «Кино о тоталитаризме». В рамках «Сталкера» проводились Международная панорама фильмов о правах Человека, Молодежный форум «Право на кино», а также ряд «круглых столов». Были также показаны ряд знаменитых фильмов из коллекции Госфильмофонда Российской федерации: «Отец-хозяин», «Ангелы греха», «Ноль за поведение».
Все билеты на фильмы МКФ «Сталкер» были бесплатными и в этом заслуга не только Гильдии кинорежиссеров России во главе с Марленом Хуциевым, но и организаций, поддержавших материально проведение фестиваля: Канадский фонд «Гражданское общество», УВКБ ООН (Управления Верховного Комиссара ООН по делам беженцев), Детского фонда ООН (ЮНИСЕФ). Всего в программе было представлено 82 фильма. Международная панорама фильмов (в ней не было проходных работ) о правах человека познакомила зрителей с лучшими зарубежными лентами по тематике «Сталкера» и была направлена на поощрение многочисленных российских дистрибюторов.
Программа «Конкурс российских фильмов» (19 картин) оценивалась представительным жюри во главе с кинорежиссером Алексеем Симоновым, президентом Фонда защиты гласности.
Правозащитный фестиваль «Сталкер» открылся 10 декабря, в день принятия ООН Всеобщей Декларации прав человека в Доме кино СК России. А 17 декабря были объявлены результаты конкурса. Приз «Сталкер» за лучший игровой фильм получил игровой фильм «Последний поезд» реж. Алексея Германа (младшего) с формулировкой: «фильм, защищающий самое главное право человека-право на жизнь». Премия за дебют досталась игровой ленте «Возвращение» реж. Андрея Звягинцева, триумфатора МКФ в Венеции. Призом жюри им В.С.Фрида за драматургию награждены режиссеры художественного фильма «Коктебель» Борис Хлебников и Алексей Попогребский. Призы «Сталкера» также достались: игровому короткометражному «Семья» реж. Лалы Ахундовой, неигровому «Гений зла» реж. Иосифа Пастернака, игровому полнометражному «Cтарухи» реж. Геннадия Сидорову. Специальный приз Гильдии кинорежиссеров России вручен реж. Петру Тодоровского за картину «В созвездии Быка». Гильдия киноведов и кинокритиков России отметила также призом режиссера Геннадия Сидорова («Старухи») за творческую смелость в создании необычного ансамбля, а также документальный фильм «Баба Вера» реж. Александры Альбовой и Любови Апраксиной. Приз детского фонда ООН ЮНИСЕФ достался документальному фильму «О любви» реж. Тофика Шахвердиева. Впервые присуждался приз «Киногерой года». Его получили актер Георгий Жженов (фильм «Георгий Жженов. Русский крест») и режиссер Марлен Хуциев («Марлен Хуциев. Прощание с шестидесятыми»).
В целом следует отметить довольно высокий средний уровень лент, представленных на конкурс. Жюри при принятии решения о награждениях проявило и на этот раз большую взвешенность в своих непростых решениях. Хотя успех фильма «Старухи», страдающего нецензуной лексикой, несколько неожиданнен. Думается, что каждый год нужно делать большую ротацию состава жюри. Хотелось бы, чтобы в Международной панораме показывались не только прокатные фильмы. Но для этого «Сталкеру» нужны большие финансовые вливания. Возможно, что малый интерес прессы к «Сталкеру», связан с тем, что на нем было слишком мало премьерных показов.